События в дораме «Школа Кенсон: Пропавшие без вести» будут разворачиваться в начале 1938 года. Представительница женского пола по имени Шизуко в один прекрасный день поступила в изолированную школу-интернат. Главная героиня болела чахоткой, именно поэтому окружающие одноклассницы старались обходить ее десятой дорогой. Все, кроме Казуэ. Этим девочкам удалось быстро сдружиться, и жизнь в этом суровом месте стала намного веселее и лучше. Пока в учебном заведении не начали происходить довольно странные вещи, все было просто прекрасно. В скором времени Шизуко удалось узнать о том, что в интернате уже была такая девочка с таким же именем, как у нее, но она неожиданно пропала без вести. Представительнице женского пола безумно захотелось узнать о том, кем же именно была ее тезка и что с ней действительно произошло. Но чем больше ей удалось узнать, тем более чудовищные тайны ей открылись.